Губка Боб и его верный друг Патрик, движимые жаждой приключений и детским любопытством, решаются на невероятное путешествие в самые таинственные и неизведанные глубины океана. Их цель – легендарный и пугающий призрак Летучий Голландец, фигура, окутанная морскими баснями и леденящими душу историями, которые передаются из поколения в поколение обитателей Бикини Боттом. Путь героев лежит через совершенно иные подводные ландшафты, где привычные солнечные лучи не проникают, а царят вечные сумерки и тайна. Каждая новая локация становится испытанием на прочность их дружбы и смекалку. Им предстоит разгадать древние морские загадки, столкнуться с причудливыми и порой опасными глубоководными существами, о которых в их родном городе ходят лишь смутные слухи, и преодолеть природные препятствия, казавшиеся ранее непреодолимыми. Это путешествие превращается не только в физический спуск в бездну, но и в путешествие внутрь себя, где Губка Боб и Патрик проверяют пределы своего бесстрашия и оптимизма в мире, полном неожиданных сюрпризов и мистического ужаса. Тем временем на поверхности, точнее, в более привычных слоях океана, разворачивается параллельная история спасения. Мистер Крабс, осознав исчезновение своего лучшего работника и, что немаловажно, источника стабильной прибыли для Красти Краб, впадает в панику. Его практичный ум, обычно занятый исключительно подсчетом денег, теперь всецело поглощен поисками Губки Боба. Неожиданным союзником в этой миссии становится вечно брюзжащий и недовольный Сквидвард. Несмотря на свое вечное раздражение от назойливого соседа, Сквидвард обнаруживает, что даже его циничная душа не может остаться в стороне, когда речь заходит о реальной опасности. Эта странная парочка – скупой ресторатор и угрюмый художник – отправляется по едва уловимым следам, оставленным неосторожными искателями приключений. Их путь – это череда комичных и нелепых ситуаций, где жадность мистера Крабса сталкивается с пессимизмом Сквидварда, но общая цель понемногу сближает этих таких разных персонажей. Пока Губка Боб и Патрик погружаются все глубже, встречая на своем пути призрачные видения и сталкиваясь с реальностью древних легенд, их невольные спасатели прокладывают свой курс, расшифровывая подсказки и преодолевая собственные, более приземленные, но от этого не менее сложные препятствия, движимые смесью корысти, чувства долга и нежелательного, но просыпающегося участия.